bioinformatics

5El calor

7Respuesta

recursos bioinformáticos

Cuando se trata de programación, es cierto que tenemos algunos blogs para seguir, pero cuando piense en probar un campo diferente, ¿cómo puede encontrar los nombres grandes? Deseo probar el campo bioi

blogs bioinformatics 2010-01-12

---

7El calor

3Respuesta

procesamiento de archivos multiFASTA

Tenía curiosidad por saber si hay alguna herramienta bioinformática capaz de procesar un archivo multiFASTA que me dé información como cantidad de secuencias, longitud, contenido de nucleótidos/aminoá

bioinformatics biopython fasta bioconductor bioperl 2009-11-24

---

5El calor

1Respuesta

Dibuje una esfera de color de coordenadas cartesianas en pymol

que estaba buscando en el wiki de cómo convertir la siguiente información sobre los granos, las coordenadas cartesianas + Energía: 23,4 54,6 12,3 -123,5 54,5 23,1 9,45 -56,7 .... ... a un drenaje en p

python visualization bioinformatics 2010-01-13

---

15El calor

7Respuesta

¿Cuál es la mejor manera de dividir archivos grandes en Python para multiprocesamiento?

Me encuentro con muchos proyectos "vergonzosamente paralelos" que me gustaría paralelizar con el módulo multiprocessing. Sin embargo, a menudo implican leer en archivos de gran tamaño (más de 2 gb), p

python concurrency multiprocessing bioinformatics 2009-12-01

---

8El calor

4Respuesta

¿Existe una expresión regular para la división enzimática?

¿Existe una expresión regular para (teórico) tryptic escisión de protein secuencias? La regla de escisión para la tripsina es: después de R o K, pero no antes de P. Ejemplo: escisión de la secuencia V

regex perl bioinformatics 2009-12-04

---

13El calor

6Respuesta

¿Forma más rápida de dividir una cadena y contar caracteres usando R?

Estoy buscando una forma más rápida de calcular el contenido de GC para cadenas de ADN leídas desde un archivo FASTA. Esto se reduce a tomar una cadena y contar el número de veces que aparece la letra

optimization string r bioinformatics 2010-03-15

---

27El calor

12Respuesta

¿Por qué Perl se usa tan extensamente en la investigación de biología?

Trabajo como personal de apoyo en un instituto de investigación de biología como estudiante, y parece que Perl se usa en todas partes. No para cada proyecto, pero parece que más de la mitad de las per

perl bioinformatics biometrics 2010-03-26

---

6El calor

3Respuesta

¿Cómo extraer los primeros elementos de hit de un archivo XML NCBI BLAST?

Im tratando de extraer solo el primer hit de un archivo NCBI xml BLAST. luego me gustaría obtener solo el primer HSP. en la etapa final, me gustaría obtenerlos según el mejor puntaje. Para aclarar las

python xml bioinformatics elementtree ncbi 2009-12-20

---

9El calor

4Respuesta

Python, enorme problema de iteración de rendimiento

Estoy haciendo una iteración de 3 palabras, cada una de aproximadamente 5 millones de caracteres, y quiero encontrar secuencias de 20 caracteres que identifiquen cada palabra. Es decir, quiero encontr

python iteration bioinformatics 2009-12-21

---

5El calor

5Respuesta

correr BLAST (bl2seq) sin crear secuencia de archivos

Tengo un script que realiza consultas BLAST (bl2seq) El script funciona así: Get secuencia de una secuencia b escribir secuencia a a archivo escribir secuencia b al archivob ejecutar comando 'bl2seq -

python perl unix shell bioinformatics 2010-02-11

---