que estaba buscando en el wiki de cómo convertir la siguiente información sobre los granos, las coordenadas cartesianas + Energía:Dibuje una esfera de color de coordenadas cartesianas en pymol
23,4 54,6 12,3 -123,5 54,5 23,1 9,45 -56,7 .... ...
a un drenaje en pymol que contiene para cada átomo de una esfera de radio R, centrada en sus coordenadas, y con color, en un gradiente de arco iris.
Gracias
hace lo que está haciendo en realidad tienen nada que ver con la estructura molecular (es decir, ¿cuál es la motivación para el uso PyMOL)?
Si está dibujando alguna estructura molecular, recomendaría simplemente generar un archivo PDB personalizado con las coordenadas esféricas (puede usar el campo B-factor por línea ATOM como una forma de controlar la coloración por átomo en PyMol).
Si no está dibujando una estructura molecular, que sería mejor fuera de uso de la interfaz de CGO PyMOL.
De la documentación PyMOL:
esferas CGO son generados por el comando Esfera.
SPHERE, x, y, z, d
donde x, y, z son las coordenadas del centro esfera y d es el diámetro de la esfera. Observe cómo se usa un comando COLOR para establecer el color de una esfera. Como con líneas sólo se necesita un comando COLOR cuando el color de la próxima esfera que puede extraerse cambios.
Un ejemplo simple:
from pymol.cgo import *
from pymol import cmd
spherelist = [
COLOR, 0.100, 1.000, 0.000,
SPHERE, 30.304, 30.407, 30.531,0.30,
COLOR, 1.000, 0.000, 0.000,
SPHERE, 30.250, 30.250, 30.250,0.20,
]
cmd.load_cgo(spherelist, 'segment', 1)