bioinformatics

19El calor

5Respuesta

¿La mejor manera de organizar proyectos de bioinformática?

Vengo de una ciencia de la computación. antecedentes, pero ahora estoy haciendo genómica. Mis proyectos incluyen una gran cantidad de bioinformática que implica típicamente: alineación de secuencias,

workflow bioinformatics 2010-09-21

---

8El calor

2Respuesta

soluciones python para gestionar el gráfico de dependencia de datos científicos por valores de especificación

Tengo un problema de gestión de datos científicos que parece general, pero no puedo encontrar una solución existente o incluso una descripción de la misma, que hace mucho tiempo me desconcertó. Estoy

python nosql scientific-computing bioinformatics aop 2010-06-19

---

6El calor

2Respuesta

¿Existe alguna función que pueda calcular una puntuación para secuencias alineadas dados los parámetros de alineación?

Intento marcar las secuencias ya alineadas. Vamos a decir seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' con parámetros dados substituti

python bioinformatics biopython 2011-04-16

---

10El calor

4Respuesta

¿Cuál es el mejor libro de bioinformática para un científico informático?

Soy un estudiante graduado de CS interesado en investigación bioinformática. No tengo una buena experiencia con la biología. ¿Cuál es el mejor libro de bioinformática para un científico informático?

computer-science bioinformatics 2010-08-21

---

10El calor

7Respuesta

Estructuras de datos para bioinformática

¿Cuáles son algunas estructuras de datos que debería conocer alguien involucrado en bioinformática? Supongo que se supone que cualquiera debe saber sobre listas, hashes, árboles equilibrados, etc., pe

data-structures bioinformatics 2010-11-30

---

12El calor

6Respuesta

Encontrar superposición en rangos con R

Tengo dos data.frames cada uno con tres columnas: chrom, start & stop, llamémosles rangesA y rangesB. Para cada fila de rangos A, estoy buscando para encontrar la fila (en el caso) en los rangos B que

r bioinformatics 2010-10-12

---

6El calor

4Respuesta

¿Obtención de secuencia genómica de manera eficiente en Python?

¿Cómo puedo obtener la secuencia genómica de manera eficiente usando Python? Por ejemplo, de un archivo .fa u otro formato de fácil obtención. Básicamente quiero una interfaz fetch_seq (chrom, strand,

python bioinformatics biopython 2010-07-07

---

8El calor

3Respuesta

¿Cómo se usa Ruby on Rails para la ciencia (si corresponde)?

Investigamos en biología de sistemas. Preferimos utilizar conjuntos de datos existentes, porque la recopilación de nuevos datos biológicos es costosa. Por lo tanto, muchos de los scripts que escribimo

ruby-on-rails bioinformatics 2010-08-25

---

5El calor

1Respuesta

NCBI base de datos de genes pregunta

Estoy tratando de encontrar el archivo gene_info con genes y ubicación cromosómica. Sin embargo, parece que no puedo ubicarlo en el sitio FTP de NCBI. ¿Alguien puede darme un puntero?

bioinformatics ncbi 2011-05-01

---

6El calor

5Respuesta

"longitud promedio de las secuencias en un archivo fasta": ¿Se puede mejorar este código de Erlang?

Estoy tratando de obtener la longitud media de fasta sequences usando Erlang. Un archivo FASTA se parece a esto >title1 ATGACTAGCTAGCAGCGATCGACCGTCGTACGC ATCGATCGCATCGATGCTACGATCGATCATATA ATGACTAGC

string erlang sequence bioinformatics mean 2010-07-21

---