Investigamos en biología de sistemas. Preferimos utilizar conjuntos de datos existentes, porque la recopilación de nuevos datos biológicos es costosa. Por lo tanto, muchos de los scripts que escribimos son poco más que transformaciones de un conjunto de datos en otro.¿Cómo se usa Ruby on Rails para la ciencia (si corresponde)?
Finalmente, ponemos nuestros resultados en línea, y cada vez más revistas requieren este tipo de cosas.
Así que no fue un gran paso para mí intentar usar Rails para mis proyectos. Puedo configurar experimentos fácilmente reproducibles, transformar datos paso a paso a través de las tablas de la base de datos (por ejemplo, usando rake) y mostrar resultados usando gemas como flotomatic y gnuplot. Si necesito algo para ejecutar muy rápidamente, incluso puedo escribir una gema personalizada en C++ usando Rice, o paralelizar usando starling y workling.
Eventualmente, comencé a preguntarme si alguien más estaba usando Rails para hacer bioinformática o ciencia en general.
Pensé: "Si fuera una gema de Rails de investigación científica, ¿qué haría?"
¿Qué características adicionales tendría tal gema? Tal vez una adaptación de migración en una tubería capaz de rake? Tal vez funciones gráficas más avanzadas? ¿Trabajos de fondo incorporados?
¿Debería ser una wiki comunitaria? – Jasper
@Jasper: no tengo la reputación de editar una wiki de la comunidad, pero me gustaría participar. –
No fue tanto una pregunta para usted como una pregunta para quien pasara con suficiente representante para hacer que su publicación sea una wiki comunitaria (y si no me equivoco, puede editar una wiki comunitaria si fuera el poster original). La idea es que no obtengas una buena reputación por ella, y por lo general se aplica a preguntas que no tienen una sola respuesta (o que tendrán una respuesta diferente para cada usuario como en tu caso o pregunta, que son claramente subjetivas) – Jasper