biopython

5El calor

3Respuesta

residuos de renumeración en un archivo de estructura de proteínas (pdb)

Hola Actualmente estoy involucrado en la creación de un sitio web destinado a combinar toda la información del virus del papiloma en un solo lugar. Como parte del esfuerzo estamos curando todos los ar

6El calor

1Respuesta

Phylo BioPython construyendo árboles

Estoy tratando de construir un árbol con BioPython, módulo Phylo. Lo que he hecho hasta ahora es esta imagen: cada nombre tiene un número de cuatro dígitos seguido de - y un número: este número se ref

7El calor

3Respuesta

procesamiento de archivos multiFASTA

Tenía curiosidad por saber si hay alguna herramienta bioinformática capaz de procesar un archivo multiFASTA que me dé información como cantidad de secuencias, longitud, contenido de nucleótidos/aminoá

8El calor

10Respuesta

¿Cómo convierto los códigos de tres letras de aminoácidos en un código de letra con python o R?

Tengo un archivo fasta como se muestra a continuación. Me gustaría convertir el three letter codes al código de una letra. ¿Cómo puedo hacer esto con Python o R? >2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISA

6El calor

2Respuesta

¿Existe alguna función que pueda calcular una puntuación para secuencias alineadas dados los parámetros de alineación?

Intento marcar las secuencias ya alineadas. Vamos a decir seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' con parámetros dados substituti

6El calor

4Respuesta

¿Obtención de secuencia genómica de manera eficiente en Python?

¿Cómo puedo obtener la secuencia genómica de manera eficiente usando Python? Por ejemplo, de un archivo .fa u otro formato de fácil obtención. Básicamente quiero una interfaz fetch_seq (chrom, strand,