Red de dibujo en R (grosor del borde de control más bordes no superpuestos)

Question

Necesito dibujar una red con 5 nodos y 20 bordes dirigidos (un borde conectando cada 2 nodos) usando R, pero necesito dos características para existir:

1. Para poder controlar el grosor de cada borde.
2. Los bordes no se superponen (es decir, la forma del borde de A a B no se dibuja sobre el borde de B a A)

He pasado horas buscando una solución, y trataron muchos paquetes, pero siempre hay un problema

¿Alguien puede sugerir una solución, por favor, y dar un ejemplo completo como sea posible?

Muchas gracias de antemano.

Answer 1

Si está bien que las líneas sean curvas, entonces sé de dos maneras. Primero creo un edgelist:

Edges <- data.frame(
    from = rep(1:5,each=5), 
    to = rep(1:5,times=5), 
    thickness = abs(rnorm(25))) 

Edges <- subset(Edges,from!=to) 

Este contiene el nodo de origen en la primera columna, el nodo de destino en el segundo y el peso en el tercero. Puedes usar mi qgraph de pacake para trazar un gráfico ponderado usando esto. Por defecto, los bordes son curvos si hay múltiples aristas entre dos nodos:

library("qgraph") 
qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE) 

Sin embargo, este paquete no está realmente diseñado para este propósito y no se puede cambiar los colores del borde (sin embargo, trabajando en eso:)). Sólo se pueden hacer todos los bordes negro con un pequeño truco:

qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE,minimum=0,cut=.Machine$double.xmin) 

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Para un mayor control se puede utilizar el paquete de igraph. Primero hacemos el gráfico:

library("igraph") 
g <- graph.edgelist(as.matrix(Edges[,-3])) 

Tenga en cuenta la conversión a la matriz y restar uno porque el primer nodo es 0.A continuación definimos el diseño:

l <- layout.fruchterman.reingold(g) 

Ahora podemos cambiar algunos de los parámetros de borde con la función E():

# Define edge widths: 
E(g)$width <- Edges$thickness * 5 

# Define arrow widths: 
E(g)$arrow.width <- Edges$thickness * 5 

# Make edges curved: 
E(g)$curved <- 0.2 

Y finalmente trazar la gráfica:

plot(g,layout=l) 

Answer 2

Si bien no es una respuesta R específicamente, recomendaría usar Cytoscape para generar la red.

Puede automatizarlo utilizando un RCytoscape. http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCytoscape.html

Answer 3

El paquete denominado informativamente 'red' puede dibujar redes dirigidas bastante bien y manejar sus problemas.

ex.net <- rbind(c(0, 1, 1, 1), c(1, 0, 0, 1), c(0, 0, 0, 1), c(1, 0, 1, 0)) 

plot(network(ex.net), usecurve = T, edge.curve = 0.00001, 
    edge.lwd = c(4, rep(1, 7))) 

El argumento edge.curve, si se pone muy bajo y se combina con usecurve = T, separa los bordes, aunque podría ser una manera más directa de hacer esto, y edge.lwd puede tomar un vector como su argumento para diferentes tamaños.

No siempre es el resultado más bonito, lo admito. Pero es bastante fácil obtener gráficos de red de aspecto decente que se pueden personalizar de varias maneras diferentes (ver? Network.plot).

Answer 4

La restricción 'no solapante' en los bordes es la gran problema aquí. En primer lugar, su red debe ser 'plana', de lo contrario es imposible en 2 dimensiones (no puede conectar tres casas a edificios de gas, eléctricos o de compañías telefónicas sin cruces).

Creo que un algoritmo para el diseño de gráficos planos resuelve esencialmente el problema de los 4 colores. Divertirse con eso. Heurística existe, búsqueda de diseño de gráfico plano, y dirigida a la fuerza, y leer Planar Graph Layouts