Como siempre, esto depende de su situación.
En mi experiencia, actualmente (2008) la calidad del controlador OpenGL en Windows es mucho peor que la calidad del controlador Direct3D. Si su situación es tal que no puede exigir razonablemente a sus clientes que siempre tengan controladores actualizados, ni que cambien sus tarjetas gráficas por las que tienen mejores controladores OpenGL, entonces OpenGL es una opción bastante mala. En este caso, elegiría el renderizador D3D en Windows y el renderizador OpenGL en OS X/Linux (si es que tienes que admitir esas plataformas, eso es).
Tener dos procesadores no es que difícil; en mi experiencia, trabajar con los errores del controlador toma mucho más tiempo que escribir y soportar las rutas del código de renderizado.
Por supuesto, hay algunas situaciones (específicas) donde D3D simplemente no tiene las características necesarias, p. salida genlocked con buffer cuádruple; o soporte de shader de geometría en Windows XP.
En resumen: si quiere mejores controladores en Windows, use D3D. Si no le importa mucho la calidad del controlador o si necesita funciones que estén en OpenGL pero no en D3D, entonces use OpenGL.
Esto es loco-subjetivo. Las palabras y frases como "lo mejor" y "elección natural" no ayudan. Tener su pregunta compuesta de preguntas múltiples, todas subjetivas (¿el año del escritorio de Linux?) Tampoco ayuda. Considere reformular la pregunta para que sea más específica. – SCdF
ok, lo intentaré, ps. El escritorio de Linux era una broma. –
¡El enlace del artículo de Tim Sweeney fue genial! http://arstechnica.com/articles/paedia/gpu-sweeney-interview.ars – bobobobo