Por ahora, y probablemente desde hace bastante tiempo que no será capaz de editar su aplicación directamente en una cuenta del motor de la aplicación (como @Wobble notes: el sistema de archivos en las instancias es de hecho de solo lectura, por buenas razones que difícilmente cambiarán). Cosas como Py I/O o similares también son limitadas, como te das cuenta.
Para avanzar, como mínimo, desea un sistema de archivos en el que pueda escribir, preferiblemente una máquina que también ejecute el servidor de desarrollo por usted. Alquile espacio en algún proveedor de VPS (por ejemplo, gandi.net, http://www.gandi.net/hosting/), luego puede montar su directorio de inicio de VPS en una máquina de oficina y crear su aplicación en el VPS, luego desplegar desde allí. Ciertamente no será un IDE, necesita usar (/ aprender) cómo manejar el sistema principalmente a través de la línea de comandos, pero será algo. Y como beneficio adicional, podría probar cosas de GAET que no sean de GAE (Turbo Gears, cosas retorcidas, su elección de una base de datos de lujo, etc.)
Gracias por la respuesta y agregando la etiqueta de python. También encontré Py I/O, se ve muy bien. Pero todavía estoy buscando una solución para GAE completo. Sería bastante natural que Google nos proporcione un IDE web, ¿no es así? :) – zengabor