Si el proyecto que está desarrollando va a ser de código abierto, siempre puede alojarlo en Google Code, lo que le permitirá utilizar Subversion, Mercurial o Git, todos excelentes sistemas de control de fuente libre.
Si no es de código abierto, puede encontrar fácilmente compañías que ofrecen soluciones de control de código fuente alojadas, y algunas de ellas incluso tienen programas gratuitos. Personalmente puedo recomendar Project Locker, que tiene un nivel de servicio gratuito para proyectos pequeños y proporciona Git y Subversion.
Bitbucket también tiene niveles excelentes de servicio gratuito con Mercurial y Git.
Desarrollar para GAE no lo conecta con ningún sistema de control de fuente, por lo tanto, use el que prefiera y que sea conveniente, pero felicidades por pensar que lo usa. No puedo decirte cuántas veces las personas de los Grupos de Google relacionados con GAE preguntan cómo recuperar su código fuente desplegado porque perdieron la copia del código del recurso.
+1 Estoy de acuerdo ... Pero si realmente está buscando Hg en GAE, mire esto: http://hg-repos.appspot.com/static/faq.html –