Me han pedido que trabaje en la visualización de la estructura proteica, algo así como RasMol, donde un usuario abrirá un archivo pdb para obtener la estructura de la proteína.Visualización de la estructura proteica
¿Cómo puedo generar estructura de proteínas desde el archivo pdb?
Me gustaría codificar en Python y visualizar la estructura ¿Debería usar OpenGL o VTK? ¿Hay algún otro módulo que pueda ayudarme a este respecto?
Debe probar pymol que tiene una interfaz de python.
Here que tienen un tutorial de cómo los principiantes a pymol secuencia de comandos para interactuar con las vistas
Como estudiante puede obtener pymol sin cargo desde el sitio pymols. Además, Gohlke proporciona instaladores para ventanas de 32 y 64 bits y Python 2.6-2.7.
permítanme ser constructivo y señalar que esa es una solución completa que usa python para script de la aplicación pymol y nada más. Además, dado que no está inscrito en la universidad, tendría que pagar $ 20,000 o cuánto cuesta usar el pymol. – marinara
PyMOL es un programa de código abierto. Puede compilar su propia versión desde el código fuente y no cuesta dinero. instalación de Linux: http://www.pymolwiki.org/index.php/Linux_Install instalación de Windows es un poco difícil, pero factible: http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install Su El código fuente está disponible como python o C/C++. Realmente te beneficiarás si quieres comenzar tu propia implementación. – HongboZhu
@HongboZhu Correcto, pero en el caso de las ventanas, no es difícil comenzar con pymol: como ya indiqué, puede obtener instaladores binarios de Windows (gratuitos) del repositorio de Gohlke. Parece que Marinara no se dio cuenta de mi edición y no corrigió/borró su comentario – joaquin
Creo que Pymol ya no es gratis, ya que tiene que comprarse en Schrödinger. par de programas libres: - JMol (mal !! no utilizan que, excepto si no tiene otras opciones) - PyMOL (si está académica) - Yasara - estudio Descubrimiento (Accelrys) - RasMol (n mantenimiento prolongado) - VMD (el mejor programa para visualizar trayectorias). Muy poderoso pero nunca lo usé.
No sé si puede hacer scripts en todos ellos.
Trabajo mucho con PyMol y me enchufé un poco. El único límite es que puedes usarlo como espectador, pero nada más. Por ejemplo, no puede obtener información haciendo clic en un átomo.
buena suerte
Puede obtener la fuente de sourceforge (http://sourceforge.net/projects/pymol/files/pymol/1.4.1/). Si desea instalar instaladores binarios, puede obtenerlos del sitio de Golhke como indiqué en mi publicación – joaquin
. Todavía hay la versión gratuita de pymol. http://sourceforge.net/projects/pymol/ Pymol es totalmente capaz de hacer cualquier cosa, solo puede tomar un poco de exploración/experimentación seria para resolverlo. – Ryanmt
Quimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ es otro visor. Creo que su licencia es más flexible que la de Pymol.
¿Está escribiendo el suyo? Creo que la mayoría de estas respuestas te apuntan a usuarios implementados. Buena suerte, imagino que tomará mucho trabajo.
¿No está disponible el código fuente de RasMol? – PhiS
¿Por qué quieres implementar otro visualizador? ¿Es un ejercicio de CG? O bien, ¿qué tipo de características cree que faltan en los programas actualmente disponibles (PyMOL, Chimera, Jmol, ...)? ¿Puedes preguntar en las respectivas listas de correo por las características que faltan? – HongboZhu