¿Cómo obtener múltiples líneas en una sola gráfica de densidad, con una escala corregida?

Question

Duplicar posible:
How to overlay density plots in R?

recientemente he empezado a trabajar con conjuntos de datos de microarrays y estoy tratando de conseguir mis manos en R. Deseo hacer algunas parcelas de mis datos de los resultados, pero sin embargo estoy atrapado en lo siguiente.

tengo los siguientes datos (myData),

cpg samp1 samp2 samp3 
cpg1 0.43 0.32 0.21 
cpg2 0.43 0.22 1.00 
cpg3 0.11 0.99 0.78 
cpg4 0.65 0.32 0.12 
cpg5 0.11 0.43 0.89 

Y deseo de obtener una gráfica de densidad para esto,

hice lo siguiente,

plot (density(MyData$samp1), col="red") 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Pero hacer esto no me da las representaciones correctas, porque no todas las curvas de muestra se ajustan dentro de los límites de la trama. Intenté buscar respuestas, pero sinceramente aún no puedo resolver esto. ¿Puede ayudarme a saber cómo configuro mi báscula para lo anterior? ¿O qué más debería hacer con el código anterior, para que todas las curvas estén en rango? Tengo muchas muestras, por lo que necesito algo que también pueda asignar automáticamente una curva de color diferente para cada muestra, después de escalarla correctamente.

Gracias de antemano ..

Answer 1

tendrá que cambiar los límites del eje de la trama original de poner todo en Esto no se hace de forma automática cuando la adición de diferentes líneas:.

por ejemplo,

plot (density(MyData$samp1), col="red",ylim=c(0,3.5),xlim=c(-1,2)) 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 2

También podría generar los límites de los ejes X y el eje Y de forma automática:

ranges <- apply(MyData, 2, 
      function(x) { dens <- density(x); c(range(dens$x), range(dens$y)) }) 

plot(density(MyData$samp1), col="red", 
     xlim = range(ranges[1:2, ]), ylim = range(ranges[3:4, ])) 
lines(density(MyData$samp2), col="green") 
lines(density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 3

Usando el paquete lattice (estoy seguro de que una ggplot2 ejemplo no está muy lejos), puede usar la función densityplot:

library(lattice) 
densityplot(~ samp1 + samp2 + samp3, data = myData, auto.key = TRUE) 

o utilizar el paquete reshape2 para obtener sus datos en un formulario de altura antes de trazar:

library(reshape2) 

myDataM<-melt(myData) 

densityplot(~ value, groups = variable, data = myDataM, auto.key = TRUE)