Tengo un trabajo de par/PBS de larga duración y me gustaría controlar la salida. Pero el archivo de registro solo se copia una vez que el trabajo finaliza. ¿Hay alguna manera de convencer a PBS para actualizarlo?PBS, refresh stdout
Desafortunadamente, AFAIK, eso no es posible con PBS/Torque - las corrientes stdout/stderr se almacenan en la cola local en el host de ejecución y luego se transfieren al host de envío una vez que el trabajo ha finalizado. Puede redirigir la salida estándar del programa a un archivo si desea supervisarlo durante la ejecución (tiene sentido solo si la ejecución y los hosts sumit comparten un sistema de archivos común).
Sospecho que la razón es que permite que los trabajos se ejecuten en nodos que no comparten su sistema de archivos con el nodo de envío.
Esto es posible en PAR. Si usted tiene un sistema de archivos compartidos puede establecer
$ spool_as_final_name cierto
en el archivo de configuración de la madre. Esto hará que el archivo escriba directamente en el destino de salida final en lugar de estar en cola en el directorio de cola. Una vez que esté configurado con eso, puede alinear el archivo de salida y monitorear todo lo que desee.
http://www.adaptivecomputing.com/resources/docs/torque/3-0-3/a.cmomconfig.php (búsqueda de spool_as_final_name
Para mí, ssh-ing al nodo donde se ejecuta el trabajo y mirando a los archivos bajo /var/spool/torque/spool/ obras, pero podría ser específico para este entorno particular.
encontré una bandera '-k' que no es muy bonita, así que terminé capturando stdout fuera de la cola.:/ – Anycorn
Como un usuario de SGE desde hace mucho tiempo solía ser capaz de ver los archivos de salida inmediatamente, siento su dolor. una coincidencia, hoy he pasado media tarde buscando una alternativa al comando 'bpeek' de LSF en un sistema MOAB/Torque y frustrantemente no encontré ninguno. –