2010-02-09 19 views
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¿Hay alguna forma de generar un dendrograma donde cada nivel del gráfico represente una generación y solo hijos del mismo padre estén conectados en cada nivel?Generando dendrogramas a partir de datos genealógicos en R

Estoy intentando usar las funciones hclust y plot de R para generar un dendrograma de linaje padre-hijo. El resultado deseado es un dendrograma donde cada generación de hijos se coloca en la misma línea, bajo su padre.

Tenía la esperanza de que hclust y el método "completo" me permitieran usar la matriz de diferencias para asignar a hijos del mismo padre un 0 puntaje de desemejanza y luego ubicarlo en el mismo nivel jerárquico, exclusivo de cualquier otra entidad en el conjunto de datos. Esto no funciona, hay hijos de diferentes generaciones en el mismo nivel.

¡Cualquier ayuda es muy apreciada!

Aquí es un poco de datos ejemplo:

padre, hijo
A, C
A, D
A, E
B, F
B, G
C, H
C , I
F, J
F, K
G, L

El agente A tiene tres hijos: C, D y E; y dos nietos a través de C: H e I.

El agente B tiene dos hijos: F y G; y un total de tres nietos: J, K y L.

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Cualquier dato de muestra es muy apreciado;) – Marek

Respuesta

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¿Necesita algo como esto?

"Drawing pedigree diagrams with R and graphviz" por Jing Zhao Hua

Si busca el nombre del artículo de autor que está disponible de muchas fuentes.

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El plot.pedigree se ve muy cerca. Tendré que buscar más en qué opciones están disponibles y cómo transformar mis datos en un objeto de pedigrí. Gracias por el liderazgo! – mattrepl

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Editado para tener un enlace actual y un autor agregado – CRSouser

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