Sun proporciona BluePrints (con las famosas aplicaciones Pet Store y Adventure Builder) que muestran patterns y cómo se pueden implementar utilizando las API de Java EE. Sobre el Java PetStore 2.0:
El Java Pet Store 2.0 es la aplicación de referencia para la construcción de aplicaciones web AJAX en Java EE 5. Ilustra planos para el uso de AJAX con Java, la construcción de bibliotecas de componentes JSF habilitados para AJAX, usando Java Persistence API , aplicando MVC y otros patrones de diseño en una aplicación web AJAX, utilizando Mashups como el servicio Google Maps para búsquedas específicas de mascotas en ubicaciones y el servicio de PayPal para compras, usando un feed RSS como fuente de datos, y mucho más.
Tenga en cuenta que para las versiones anteriores a Java EE 5, realmente no creo que uno deba considerarlas como representativas de las mejores/buenas prácticas, sino solo como muestra la tecnología. Java EE 5 ha mejorado mucho las cosas.
Aún así, debe echar un vistazo a la aplicación de ejemplo Spring's PetStore (que ilustra la integración de iBATIS si no recuerdo mal) también. Definitivamente vale la pena el control.
Y puede encontrar otras muestras como this one (y muchas otras, solo google para "Java PetStore").