Recomiendo comenzar con un buen libro. Este es un tema complejo e incluso un desarrollador experimentado necesita ayuda para comenzar.
También le recomiendo que se familiarice con las tecnologías que no son adecuadas para empezar. La persistencia de la base de datos es mucho más fácil con frameworks como Hibernate e iBatis que con Entity Beans (incluso en el nuevo estándar Java EE). Eche un vistazo a un marco de inyección de dependencia como Spring y Guice. De hecho, Spring ofrece mucho más que inyección de dependencia (desarrollo orientado a aspectos, framework de servicios web, MVC, wrappers para JDBC y JMS).
Otra cosa importante es la selección de IDE. En el mundo libre, puedes ir con Eclipse (edición Java EE) o NetBeans. Ambos son buenos, creo que NetBeans es un poco lento, pero está mejorando. También recomiendo Tomcat como servidor de aplicaciones. Aunque no implementa completamente el estándar Java EE (sin EJB), hay cosas pequeñas que no puede hacer. Los servidores de aplicaciones completos son JBoss de RedHat y GlassFish de Oracle. GlassFish está muy bien integrado en NetBeans (no tiene nada que ver con el servidor de aplicaciones anterior de Sun, es rápido y confiable).
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La pregunta sobre los libros JEE se ha cerrado. Respuestas sugeridas http://www.theserverside.com/, J2EE: The Big Picture y Manning publications, para libros como "Spring in Action" y "Java Persistence with Hibernate". Estoy seguro de que ahora hay más buenos libros disponibles.
no se encuentra el enlace de la página "pregunta". Por favor, corrija esta respuesta. – Siddharth