Puede modificar las grobs ggplot2, por ejemplo:
library("ggplot2")
d <- ggplot(mtcars, aes(x=gear)) +
geom_bar(aes(y=gear), stat="identity", position="dodge") +
facet_wrap(~cyl)
grob <- ggplotGrob(d)
strip_bg <- grid.ls(getGrob(grob, "strip.background.rect",
grep=TRUE, global=TRUE))$name
panel_bg <- grid.ls(getGrob(grob, "panel.background.rect",
grep=TRUE, global=TRUE))$name
strip_text <- grid.ls(getGrob(grob, "strip.text.x",
grep=TRUE, global=TRUE))$name
grob <- geditGrob(grob, strip_bg[2], gp=gpar(fill="gray60"))
grob <- geditGrob(grob, panel_bg[2], gp=gpar(fill="darkolivegreen2"))
grob <- geditGrob(grob, strip_text[2], gp=gpar(col="white"))
grid.draw(grob)
Actualización: Esto debería funcionar con ggplot2 0 .9.3
grob <- ggplotGrob(d)
elem <- grob$grobs$panel2
panel_bg <- grid.ls(getGrob(elem, "panel.background.rect", grep=TRUE))$name
grob$grobs$panel2 <- editGrob(elem, panel_bg, gp=gpar(fill="darkolivegreen"), grep=TRUE)
elem <- grob$grobs$strip_t.1
strip_bg <- grid.ls(getGrob(elem, "strip.background.rect", grep=TRUE))$name
grob$grobs$strip_t.1 <- editGrob(elem, strip_bg, gp=gpar(fill="gray60"), grep=TRUE)
elem <- grob$grobs$strip_t.1
strip_text <- grid.ls(getGrob(elem, "strip.text.x.text", grep=TRUE))$name
grob$grobs$strip_t.1 <- editGrob(elem, strip_text, gp=gpar(col="white"), grep=TRUE)
grid.draw(grob)
Esta pregunta es similar y podría proporcionar inspiración: http://stackoverflow.com/q/3167444/602276 – Andrie