un fallo o vulnerabilidad de seguridad en el servidor (ya sea Apache o el motor de PHP), o en su propio código PHP, podría permitir una atacante para obtener acceso a su código.
Por ejemplo, si tiene un script PHP para permitir que las personas descarguen archivos, y un atacante puede engañar a este script para que descargue algunos de sus archivos PHP, entonces su código puede filtrarse.
Ya que es imposible eliminar todos los errores de software que está utilizando, si alguien realmente quiere robar su código, y no tienen suficientes recursos, hay una posibilidad razonable de que van a ser capaces de hacerlo.
Sin embargo, mientras mantenga su servidor actualizado, alguien con interés ocasional no podrá ver la fuente PHP a menos que haya algunas vulnerabilidades obvias de seguridad en su código.
Lea Security section of the PHP manual como punto de partida para mantener su código seguro.