Hay varios problemas con esta pregunta. En primer lugar, no hay ningún problema en IE para establecer un iframe por encima o por debajo de otro contenido en su documento usando z-index. Un índice Z más alto hace que su iframe esté por encima de otros elementos, (como siempre), en la medida en que su iframe está posicionado: relativo, absoluto o fijo.
El verdadero problema surge cuando el contenido de su iframe es un objeto flash incrustado. En este caso, el objeto flash solo se puede colocar z si su parámetro wmode se establece en "transparente" u "opaco", pero no funcionará si el flash está incluido en el documento HTML usando wmode = "ventana".
Por lo tanto, si incluye un recurso externo (en un sitio web al que no tiene acceso, como youtube), solo puede lograrlo si se utiliza alguno de esos modos. Si va a cargar un objeto flash en un marco flotante en el que puede modificar su contenido, simplemente comprobar que:
<param name="wmode" value="transparent" />
se establece.
En caso de que youtube esté usando el modo "ventana", siempre puede usar su propio reproductor de flash y enganchar videos de youtube dinámicamente, configurando el modo de objeto de flash en transparente.
Intente utilizar http://www.youtube.com/embed/ El enlace de video_id pero no http://www.youtube.com/v/video_id ese fue el problema en mi caso. Se debe usar incrustado, pero no V. – Spirit