matriz de correlación para construir redes

Question

He utilizado el paquete MixOmics en R para dos matrices (análisis de correlación canónica) y tengo una matriz de correlación resultante. Me gustaría construir una red de correlación a partir del resultado obtenido. Antes pensé en usar el paquete de análisis de correlación del conjunto de genes pero no sé cómo instalarlo y no hay fuentes en Internet para instalarlo en R (http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA). /).

¿Podría sugerir también qué otros paquetes podría usar para construir redes con matriz de correlación como entrada? Pensé en Rgraphviz pero no sé si es posible.

Answer 1

Copia de esta respuesta en su mayoría de mi respuesta anterior en https://stackoverflow.com/a/7600901/567015

qgraph El paquete está destinado sobre todo para visualizar matrices de correlación como una red. Esto trazará las variables como nodos y correlaciones como bordes que conectan los nodos. Los bordes verdes indican correlaciones positivas y los bordes rojos indican correlaciones negativas. Cuanto más amplios y saturados sean los bordes, más fuerte será la correlación absoluta.

Por ejemplo (este es el primer ejemplo de la página de ayuda), el siguiente código representará la matriz de correlaciones de un conjunto de datos de 240 variables.

library("qgraph") 
data(big5) 
data(big5groups) 
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE) 
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2) 

También puede agrupar los nodos fuertemente correlacionados entre sí (utiliza Fruchterman-Reingold) que crea una imagen bastante clara de lo que la estructura de su matriz de correlación en realidad se parece:

Para una extensa introducción eche un vistazo a http://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

Answer 2

Es posible que también desee echar un vistazo a los paquetes network y sna en CRAN. Ambos incluyen herramientas para convertir una matriz en un objeto de datos de red.