matplotlib color en trazado 3D de un conjunto de datos x, y, z sin usar el contorno

Question

Por mi vida no puedo encontrar la manera de obtener los mismos resultados que this.

El enlace genera la trama 3D coloreada sin usar el contorno. Si utilizo la misma técnica, pero con mi propio conjunto de datos x, y, z obtengo solo un color.

La diferencia debe estar en la forma en que estoy generando los datos z para la gráfica.

De todos modos, el uso de este:

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
from matplotlib.mlab import griddata 
from matplotlib import cm 
from matplotlib.ticker import LinearLocator, FormatStrFormatter 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 
import sys 

def xyz_ret(file): 
    f = open(file, 'r') 

    xyz = [] 
    for i in f: 
     ret = i.replace('\n','') 
     xyz.append(map(float,(ret.split('\t')))) 

    xyz = np.array(xyz) 
    return xyz[:,0],xyz[:,1],xyz[:,2]  


x,y,z = xyz_ret('300.txt') 

fig = plt.figure() 
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 

xi = np.linspace(min(x), max(x)) 
yi = np.linspace(min(y), max(y)) 

X, Y = np.meshgrid(xi, yi) 
Z = griddata(x, y, z, xi, yi) 

surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=6, cstride=6, cmap=cm.jet, 
     linewidth=0) 

ax.set_zlim3d(min(z), max(z)) 

ax.w_zaxis.set_major_locator(LinearLocator(10)) 
ax.w_zaxis.set_major_formatter(FormatStrFormatter('%.03f')) 

fig.colorbar(surf, shrink=0.5, aspect=5) 

plt.show() 

conjunto de datos: se muestra

-2187.99902 9380.009151 0.0209 
-2187.00111 2474.994061 0.022 
-10755.98931 6119.598968 0.0296 
-5781.347693 609.427388 0.0301 
-8761.562524 1942.391853 0.0285 
-5695.576244 1894.624701 0.0251 
-3801.215106 1096.153308 0.0257 
-1616.821487 2452.940102 0.0182 
-5790.547537 2975.622971 0.022 
-8095.18467 4074.330871 0.0208 
-9997.367785 2771.330212 0.0264 
-10547.5635 4397.127096 0.0251 
-5781.706776 3984.545588 0.0191 
-3346.855289 4347.670408 0.0172 
-918.639762 4518.515925 0.0142 
-892.428381 5850.710005 0.0143 
-5844.499993 6516.904257 0.0204 
-10877.96951 6015.755723 0.0265 
-10813.37291 7704.306099 0.0302 
-7991.878303 7733.626264 0.0223 
-5861.073574 8725.943697 0.0217 
-3188.107715 6997.19893 0.0206 
-897.427629 7474.426336 0.0188 
-1388.841321 8786.642046 0.0194 
-3370.72325 8825.154803 0.0225 
-8561.226722 8851.111988 0.0285 
-10275.58972 8849.798032 0.0341 
-5853.645621 10113.77051 0.0255 
-8101.002878 10754.8429 0.0332 
-5765.080546 11378.95524 0.0299 
-3081.969839 10549.46676 0.0242 

un solo color. También observe que la barra de color no tiene tics.

¿Puede explicarme cuál es mi problema?

Answer 1

La forma más fácil de leer datos de texto es a través de genfromtxt:

data = np.genfromtxt('300.txt') 
x = data[:,0] 
y = data[:,1] 
z = data[:,2] 

sys no es necesario.

Answer 2

Creo que hay un problema con la superficie de relleno "discontinuo" (cuadrícula).

Código:

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
from matplotlib import cm 
import matplotlib.pyplot as plt 
from matplotlib.mlab import griddata 
import numpy as np 

fig = plt.figure() 
ax = fig.gca(projection='3d') 

data = np.genfromtxt('300.txt') 
x = data[:,0] 
y = data[:,1] 
z = data[:,2] 

xi = np.linspace(min(x), max(x)) 
yi = np.linspace(min(y), max(y)) 

X, Y = np.meshgrid(xi, yi) 
Z = griddata(x, y, z, xi, yi) 

surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=5, cstride=5, cmap=cm.jet, 
         linewidth=1, antialiased=True) 

ax.set_zlim3d(np.min(Z), np.max(Z)) 
fig.colorbar(surf) 

plt.show() 

Tenga en cuenta que si se tiene en cuenta la superficie por encima de un área rectangular (xi x yi), este código está funcionando correctamente. En otras palabras, si "cortó" bordes irregulares.

xi = np.linspace(-4000, -9000) 
yi = np.linspace(4000, 9000) 

Answer 3

acabo luchaban con el problema similar.

Finalmente, tuvimos que utilizar natgrid (que se hace referencia here pero el enlace no funciona) en lugar de gridData.

para mí el truco con el corte de la región de trazado no funcionaba, siempre estaba en un color.

Al instalar PyNGL compruebe que tiene la última versión de numpy.

Buena suerte