¿Cómo evito que se genere Rplots.pdf?

Question

Estoy trabajando con un código R que genera varias imágenes como archivos png; sin embargo, un archivo Rplots.pdf sigue generándose en el directorio de trabajo, ¿hay alguna manera de evitar que esto suceda?

library(Cairo) 
CairoPNG(file = "graphs.png") 
nf <- layout(matrix(c(1:8), 2, 4, byrow=T), c(1, 1), c(1, 1, 1, 1), TRUE) 
for (k in 1:num.k) { 
    plotMatrix(connect.matrix.ordered[k,,], log = F, main = paste("k=", k.vector[k]), sub = paste("Cophenetic coef.=", rho[k]), ylab = "samples", xlab ="samples") 
} 
y.range <- c(1 - 2*(1 - min(rho)), 1) 
plot(k.vector, rho, main ="Cophenetic Coefficient", xlim=c(k.init, k.final), ylim=y.range, xlab = "k", ylab="Cophenetic correlation", type = "n") 
lines(k.vector, rho, type = "l", col = "black") 
points(k.vector, rho, pch=22, type = "p", cex = 1.25, bg = "black", col = "black") 
dev.off() 

Answer 1

Me pregunto si tiene otra comando que abre un dispositivo antes o después del fragmento de código que nos ha proporcionado. Cuando hayas terminado, ejecuta dev.cur() para ver si había un dispositivo abierto. Si no, debería devolver el dispositivo nulo.

Aquí hay maneras en que puede recrear obteniendo un Rplots.pdf o un Rplot001.png; los comandos layout y par abren un dispositivo si uno no está abierto, y como no se ha proporcionado ningún nombre de archivo, usa el nombre de archivo predeterminado.

options(device="pdf") 
layout(1:4) 
dev.off() 

options(device="png") 
par() 
dev.off() 

Tal vez ver que suceda aquí le dará una pista de lo que está sucediendo con su código.

Answer 2

Aquí está el código fuente de CairoPNG:

function (filename = "Rplot%03d.png", width = 480, height = 480, 
    pointsize = 12, bg = "white", res = NA, ...) 
{ 
    Cairo(width, height, type = "png", file = filename, pointsize = pointsize, 
     bg = bg, ...) 
} 

Esto le indica que CairoPNG toma filename=... como parámetro, y pasa esto a Cairo como parámetro file.

puedo ver cómo esto puede llevar a confusión, pero el punto es que su llamada a CairoPNG debe ser:

CairoPNG(filename="graphs.png") 

ver si funciona ...

Answer 3

Sé que esta es una publicación muy antigua y seguramente el OP ha resuelto esto. Pero me encontré con esta situación similar mientras trabajaba con plotly. La conversión de una salida de ggplot a una salida de la gráfica generó el error similar de no poder abrir el archivo 'Rplots.pdf'.

lo solucioné simplemente incluyendo:

pdf(NULL) 

No estoy seguro de la razón del error, no han sido capaces de darse cuenta de eso, pero esta pequeña línea ayudó a eliminar el error y mostrar mi diagramas como lo esperaría en combinaciones plotly y ggplot.

Answer 4

Tuve un problema similar recientemente después de actualizar a R-3.0.3 (¡sí, estamos un poco retrasados!). Resulta que la paleta ("predeterminada") abre un dispositivo ahora, aunque no solía hacerlo.