La sensación de estar abrumado con los proyectos se debe a que está tratando de comprender el proyecto en su totalidad. Creo que se beneficiarían de seguir/estudiar piezas de código más pequeñas. Esto debería ser lo que los proyectos más grandes contienen de todos modos: piezas más pequeñas (componentes) utilizados como bloques de construcción para formar un proyecto mayor.
Un proyecto del que he aprendido mucho fue Zend Framework. Los componentes son modulares para que pueda estudiarlos de forma aislada. Le permitirán mejorar su comprensión de la arquitectura y el diseño.
Otra cosa es estudiar algunos patrones de diseño comunes (singleton, fábrica, estrategia para nombrar tres) y reconocer que se usan en los proyectos o tratar de usarlos en su propio proyecto y ver cómo eso mejora su código.
Puede obtener una comprensión decente de los problemas de seguridad leyendo la siguiente guía: phpsec. Además, si está trabajando en una parte de su proyecto que sabe que necesita atención a este respecto, busque algunos artículos y trate de aplicar los consejos que se brindan allí.
Creo que hay que dar pequeños pasos. No creas que puedes aprender todo de una vez.Encuentro que mejoro más rápido centrándome en un punto a la vez y profundizando más en él. Trato de aplicarlo lo mejor que puedo, cambio un código anterior en función de mi comprensión más profunda y sigo adelante hasta que alcanzo otro punto de fricción. Muchas veces parece que encuentro cosas que ya he estudiado, pero reorientarme con habilidades mejoradas me permite obtener una comprensión más profunda que la vez anterior.