Suena como lo que desea hacer Java es implementar el código de lote a su servidor y luego ejecutarlo. Puede crear una nueva aplicación web que contenga su jar o agregar el jar a una aplicación web existente. Entonces puede activar la ejecución con un servlet. Incluso podría tener un JSP que contiene:
<%
String [] args = new String[0];
MyClass.main(args);
%>
Por supuesto que querrías para asegurar que JSP para que no cualquiera puede ejecutar su trabajo.
Usamos el programador de cuarzo para programar trabajos por lotes desde tomcat. Esto nos permite monitorear nuestros trabajos mucho más fácilmente que si se ejecutaran desde la línea de comando.
http://www.quartz-scheduler.org/
¿Qué estás usando Tomcat en este escenario exactamente? –
Parafraseando un comentario de Luben en una de las respuestas: el objetivo es alojar el archivo JAR en una máquina remota. – Tom