InstallShield proporciona la funcionalidad requisitos previos. Puedes usar esto en tu proyecto de MSI. Esto garantizaría que estos requisitos previos solo se instalen si aún no están presentes en la máquina de destino.
Si no desea incluir estos componentes como .NET Framework 3.5 en su instalador, puede usar el instalador de configuración redistribuible. .NET 3.5 instalador de configuración redistribuible es de aproximadamente 3MB y cuando esto se incluye en los requisitos previos de su proyecto InstallShiled, el instalador verificará si .NET Framework 3.5 ya está instalado en la máquina de destino y, si no, le preguntará al usuario y descargará el todo el framework .net 3.5 e instálalo.
puede check this si tiene consultas de Install Shield muy específicas.