Regularmente usamos tanto Netbeans como Eclipse. Cambiamos de un lado a otro, entre Vista, WinXP y múltiples versiones de Fedora de la variedad de 32 y 64 bits, sin problemas. Mantener los archivos del proyecto en control de versiones hace que mantenerlos sincronizados sea mucho más fácil. Incluso mantenemos los archivos de inicio en el directorio del proyecto también. Publiqué una respuesta al another multiple IDEs question que describe cómo se ve nuestro directorio de proyectos.
Básicamente, estoy de acuerdo con Bill the Lizard sobre que no hay problemas, pero no estoy de acuerdo con la naturaleza fluida y el mantenimiento de los archivos del proyecto por separado. Lo único que tenemos que hacer es asegurarnos de que actualicemos la classpath de compilación en cada proyecto si se agrega una nueva biblioteca porque Netbeans y Eclipse usan diferentes archivos para describir la ruta de clase.
El uso de las integraciones del sistema de control de versiones IDE ayuda a fomentar la actualización de los proyectos para todos los demás.
Se puede utilizar independiente experto también. Entonces, ¿cuál es el objetivo de la construcción de hormigas? (Por cierto: ¿hay personas que no usan un IDE?: -}) –