que tenían el mismo problema y durante mi investigación, he encontrado dos soluciones:
Puede usar un complemento llamado "session.vim", que tiene un soporte básico para restaurar el NERDTree. Puede encontrarlo aquí: http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=3150
Descubrí por mi cuenta que este complemento no es para mí, así que tomé otro enfoque. Puede configurar vim para establecer automáticamente el directorio de su búfer igual a su directorio de trabajo.
autocmd BufEnter * lcd %:p:h
Desde el NERDTree abre el directorio de trabajo cuando se abre la primera vez, ya se encuentra en la que desea ser!
Simplemente abra el NERDTree después de que haya abierto su archivo o su sesión en este caso.
Sin embargo, dado que la magia solo funcionará por primera vez en una sola pestaña, puede usar el siguiente comando para permitir que el NERDTree encuentre su archivo en el árbol.
map <leader>r :NERDTreeFind<cr>
eliminar el desorden del árbol sólo tiene que ir a unos pocos directorys como usted deseo usando el comando "p" y escriba "C".
descubrí los comandos gracias a los chicos de este post:
https://superuser.com/questions/195022/vim-how-to-synchronize-nerdtree-with-current-opened-tab-file-path
no funciona con corriente NERDtree 5.0 ... –