Estoy escribiendo algunas notas R con Sweave y me gustaría mostrar errores comunes. Por ejemplo,Mostrar errores con sweave
<<echo=TRUE, eval=TRUE>>=
x = 5
#Case matters!
x*X
@
Sin embargo, al repasar, el documento no se compilará debido al error R. ¿Hay alguna forma de hacer sweave compilar y mostrar el error (formateado)?
Como sugiere Shane, utilice
<<echo=TRUE,eval=FALSE>>
para el código que va a error, pero que desea visualizar, y luego de nuevo con
<<echo=FALSE,eval=TRUE,results=verbatim>>
pero con el mismo código envuelto en un intento.
Hay un ejemplo aquí: http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/09/11690.html
Envuelva su error en un comando try(). A continuación, se mantendrá en funcionamiento:
> {print(1); try(x*X); print(2)}
[1] 1
Error in try(x * X) : object 'X' not found
[1] 2
Este es un problema no con knitr, la "próxima generación Sweave", si se me permite decirlo. Muestra errores y advertencias por defecto, lo que era difícil o imposible en Sweave, junto con una plétora de otras características agradables (como la coloración de sintaxis, la integración de PGF y la animación de la trama, para empezar). También se desarrolla y mantiene activamente.
Sweave código debe convertirse una vez con la función Sweave2knitr proporcionada por el mismo paquete.
Pensé en eso, pero me gustaría evitar mostrar 'try' – csgillespie
Mi otro pensamiento fue que podría haber una opción (error = alguna.función) que podría funcionar, pero no puedo encontrar nada. Puede llamar a cada fragmento de código dos veces: una vez con try y echo = FALSE pero eval = TRUE y capturar el mensaje de error. Entonces una vez sin probar y la configuración invertida. Luego simplemente imprima el mensaje de error por separado. – Shane