¿Cómo pueden los usuarios de Sweave colaborar con los usuarios de Word?

Question

Me gustaría plantear la pregunta discutida here a la comunidad SO: ¿cuál es la mejor manera para que los usuarios de Sweave colaboren con los usuarios de Word?

Estoy intentando mover todo mi flujo de trabajo a R y Sweave (o similar, por ejemplo, quizás Knitr resulte más útil). Sin embargo, el último paso en mi flujo de trabajo suele ser escribir un manuscrito con colaboradores. Funcionan pasando los documentos de MS Word hacia adelante y hacia atrás, y editando el texto usando Control de cambios.

Vamos a estipular que no puedo convencer a ninguno de ellos para que aprendan ningún software nuevo; su proceso no va a cambiar. Busco una forma directa de:

1.) envía documentos Sweave creado a coautores

2.) permiten que se abran los documentos en Word y hacer que el control de cambios

3.) reciben los documentos editados y reincorporarlos en Sweave, idealmente con los cambios de los coautores destacados de alguna manera

4.) Y si la solución funciona para OSX, sería genial.

La discusión on the R help mailing list se centra en SWord que parece no documentarse y está disponible solo para Windows. ¿Alguien sabe si es bueno? La discusión on Vanderbilt's biostatistics wiki es buena para obtener documentos Sweave en formatos legibles para Word, pero no tanto sobre cómo integrar documentos editados de Word con Sweave.

Answer 1

que utilizan una combinación de enfoques, dependiendo de quién es la edición. Mi valor predeterminado es que los editores/colaboradores marquen un PDF o una copia impresa. Foxit Reader es gratuito y proporciona herramientas de comentario en PDF más extensas que Acrobat Reader, aunque el lector permite burbujas de comentarios.

Para obtener contribuciones más extensas, me ayuda separar las partes de Sweave de un documento del texto principal, p. escribiendo los resultados en results.Rnw y la inserción de \input{results.tex} en el documento principal. Esto le permite enviar alrededor de la parte que no incluye el marcado R. También puede copiar y pegar todo entre el preámbulo y la bibliografía en un documento de Word, y pedirles a los usuarios que ignoren el marcado. Si copia y pega desde un editor con resaltado de sintaxis, puede copiarse a la palabra, facilitando el proceso.

También puede considerar el uso de Inference for R, que es como Sweave for Word. También hay Lyx, que requiere que los usuarios aprendan un nuevo programa, pero que es más fácil de usar que Sweave.

Answer 2

Siempre he pensado que este era un buen caso de uso para odfWeave ....

Answer 3

He estado investigando sobre el tema durante un par de semanas, y esto es lo que se me ocurrió hasta ahora. Lamentablemente, mi reputación de novato no permite publicar todos los enlaces adecuados, pero la búsqueda de Google debe ser evidente para todos los paquetes involucrados.

Las conversiones entre LaTeX y Word son engorrosas, por lo tanto, considero que es factible utilizar un tercer formato que permita exportar tanto a LaTeX como a Word. Varias alternativas están disponibles. Primero, tienes Markdown, un lenguaje de marcado que estoy usando incluso para escribir esta publicación :). Markdown en sí mismo no es realmente adecuado para la escritura académica, pero hay un extension en desarrollo que permite citas, notas a pie de página y otras características de la escritura técnica.

En segundo lugar, quizás más prometedor, el marcado reStructuredText de Docutils, que ya puede manejar las citas. Mi idea es escribir mis artículos en texto plano con reST, tejerlos (o tejerlos) usando knitr en HTML o PDF, esto es compatible de forma nativa desde dentro R. El código R puede ser incrustado, por supuesto, ese es el punto.

Para convertir el texto en .doc se puede utilizar Pandoc, que también puede manejar citas, y es capaz de convertir entre formatos de documentos múltiples, incluyendo PDF, Word, etc. OpenDocument

todavía tengo que averiguar la todo el flujo de trabajo. La conversión entre formatos sin las citas me parece bastante directa (a pesar de que requiere una edición menor en Word después). Trabajar con citas sigue requiriendo algunas ideas. Espero que esta información ayude a quien esté en el mismo camino de la Investigación reproducible, pero también en la necesidad de compartir textos con población no geek.