Si el directorio que desea guardar en un subdirectorio del directorio de trabajo, sólo tiene que especificar la ruta relativa antes de que su nombre de archivo:
fig.savefig('Sub Directory/graph.png')
Si desea utilizar una ruta absoluta, importe el os módulo:
import os
my_path = os.path.abspath(__file__) # Figures out the absolute path for you in case your working directory moves around.
...
fig.savefig(my_path + '/Sub Directory/graph.png')
Si no quieren preocuparse por la barra inicial frente al nombre de subdirectorio, puede unirse de forma inteligente caminos de la siguiente manera:
import os
my_path = os.path.abspath(__file__) # Figures out the absolute path for you in case your working directory moves around.
my_file = 'graph.png'
...
fig.savefig(os.path.join(my_path, my_file))