parcela matriz de frecuencia ponderada

Question

Esta pregunta se relaciona con dos cuestiones diferentes que han solicitado previamente:

1) Reproduce frequency matrix plot

2) Add 95% confidence limits to cumulative plot

deseo de reproducir esta parcela en I:

Llegué hasta aquí usando el código debajo del gráfico:

#Set the number of bets and number of trials and % lines 
numbet <- 36 
numtri <- 1000 
#Fill a matrix where the rows are the cumulative bets and the columns are the trials 
xcum <- matrix(NA, nrow=numbet, ncol=numtri) 
for (i in 1:numtri) { 
x <- sample(c(0,1), numbet, prob=c(5/6,1/6), replace = TRUE) 
xcum[,i] <- cumsum(x)/(1:numbet) 
} 
#Plot the trials as transparent lines so you can see the build up 
matplot(xcum, type="l", xlab="Number of Trials", ylab="Relative Frequency", main="", col=rgb(0.01, 0.01, 0.01, 0.02), las=1) 

Mi pregunta es: ¿Cómo puedo reproducir la gráfica superior en una sola pasada, sin graficar múltiples muestras?

Gracias.

Answer 1

Puede producir esta parcela ...

... mediante el uso de este código:

boring <- function(x, occ) occ/x 

boring_seq <- function(occ, length.out){ 
    x <- seq(occ, length.out=length.out) 
    data.frame(x = x, y = boring(x, occ)) 
} 

numbet <- 31 
odds <- 6 
plot(1, 0, type="n", 
    xlim=c(1, numbet + odds), ylim=c(0, 1), 
    yaxp=c(0,1,2), 
    main="Frequency matrix", 
    xlab="Successive occasions", 
    ylab="Relative frequency" 
    ) 

axis(2, at=c(0, 0.5, 1))  

for(i in 1:odds){ 
    xy <- boring_seq(i, numbet+1) 
    lines(xy$x, xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

for(i in 1:numbet){ 
    xy <- boring_seq(i, odds+1) 
    lines(xy$x, 1-xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

Answer 2

También puede utilizar el método de Koshke, mediante la limitación de las combinaciones de valores de aquellos con s < 6 ya pedido de Andrie agregaron la condición de la diferencia de Ps $ ny ps $ s para obtener una configuración "puntiaguda".

ps <- ldply(0:35, function(i)data.frame(s=0:i, n=i)) 
plot.new() 
plot.window(c(0,36), c(0,1)) 
apply(ps[ps$s<6 & ps$n - ps$s < 30, ], 1, function(x){ 
    s<-x[1]; n<-x[2]; 
    lines(c(n, n+1, n, n+1), c(s/n, s/(n+1), s/n, (s+1)/(n+1)), type="o")}) 
axis(1) 
axis(2) 
lines(6:36, 6/(6:36), type="o") 
# need to fill in the unconnected points on the upper frontier 

Answer 3

matriz ponderada en frecuencia también es llamada Posición Peso Matrix (en bioinformática). Se puede representar en forma de sequence logo. Esto es al menos cómo trazado la matriz de frecuencia ponderada.

library(cosmo) 
data(motifPWM); attributes(motifPWM) # Loads a sample position weight matrix (PWM) containing 8 positions. 
plot(motifPWM) # Plots the PWM as sequence logo.