El impacto más obvio es la cantidad de identificadores de archivos abiertos, que a veces es un problema en Linux. Aunque si se está quedando sin controladores de archivos es un problema, es poco probable que el número de jarras llegue al punto problemático.
Según tengo entendido, el archivo de índice mantiene las cosas bastante cerca del tiempo constante para encontrar cualquier cosa en el contenedor.
Descomprimirlos todos en directorios (o en un único directorio) podría darle un poco de impulso. Sin embargo, sería de corta duración, ya que una vez que la clase está en el espacio de la permanente, eso es todo lo que se necesita. Tendría un beneficio duradero en cualquier archivo que no pertenezca a la clase y que pueda leer desde el classpath a través de las llamadas a getResource().