Ese valor es, en Windows, al menos, la página de códigos legado utilizado para el texto no Unicode. Es a lo que el sistema operativo convierte cadenas desde y hacia cuando usa las antiguas API de ANSI. Para cualquier programa más nuevo es si no tiene ningún efecto (dicho esto, todavía veo suficientes programas que usan las variantes A y no W de las funciones API, lamentablemente).
Para usted el programa Java nada de eso debería importar, ya que Java usa Unicode exclusivamente. Si desea escribir o leer archivos de texto en la página de códigos del sistema, entonces lo necesitará.
Para el símbolo del sistema, sin embargo, esa codificación no tiene ningún valor significativo, ya que la consola utiliza de manera predeterminada la codificación OEM que imita la de las edades de DOS (850 o 437 es bastante común).
Posiblemente la información relacionada esté en http://stackoverflow.com/questions/1336930/how-do-you-specify-a-java-file-encoding-value-consistent-with-the-underlying-wind –
solo fyi, http://cp1252.com tiene información sobre las viudas codepage 1252 –