Problemas con RODBC sqlSave

Question

Tengo algunas dificultades para insertar un marco de datos en una base de datos mySql usando RODBC. A continuación se muestra el código que estoy usando:

data <- data.frame(analysedDataID=c(1,2,3), plateWell=c("a","b","c"), screenPlateOrder=c(1,2,3), wellData=c("A","B","C")) 

con <- odbcConnect(DSN, uid="user_id", pwd="some_password") 
query <- sqlSave(con, data, tablename = 'wellAnalysedDataTable', rownames=FALSE, append=TRUE) 

Cuando trato de ejecutar este me sale el siguiente mensaje de error:

Error in odbcUpdate(channel, query, mydata, coldata[m, ], test = test, : 
missing columns in 'data' 

Aquí está la tabla específica que estoy tratando de insertar los datos en:

+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+ 
| Field   | Type  | Null | Key | Default | Extra | 
+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+ 
| analysedDataID | int(10)  | YES |  | NULL |  | 
| plateWell  | varchar(10) | YES |  | NULL |  | 
| screenPlateOrder | int(10)  | YES |  | NULL |  | 
| wellData   | varchar(30) | YES |  | NULL |  | 
+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+ 

estoy muy confundido en este punto ya que he leído la documentación una y otra vez, pero simplemente no puedo conseguir que esto funcione. ¡Cualquier ayuda sería muy apreciada!

¡Salud!

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¡Gracias! Agregué los cambios que sugirió y ya no parece haber ningún problema con el caso. Sin embargo sigo recibiendo el mensaje de error:

'index column(s) analysedDataID plateWell screenPlateOrder wellData not in data frame' 

La declaración que estoy ejecutando que genera esto es:

sqlUpdate(con, data, tablename="wellAnalysedDataTable", index=c("analysedDataID", "plateWell", "screenPlateOrder", "wellData")) 

esto no tiene ningún sentido para mí como las columnas ya están en el marco de datos con los mismos colnames.

Answer 1

> str(data) 
'data.frame': 3 obs. of 4 variables: 
$ analysedDataID : num 1 2 3 
$ plateWell  : Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3 
$ screenPlateOrder: num 1 2 3 
$ wellData  : Factor w/ 3 levels "A","B","C": 1 2 3 

Ha intentado hacer sus Numerics enteros y sus factores de caracteres?

data <- data.frame(analysedDataID=as.integer(c(1,2,3)), plateWell=c("a","b","c"), screenPlateOrder=as.integer(c(1,2,3)), wellData=c("A","B","C"),stringsAsFactors=FALSE) 

Answer 2

diferentes errores pueden llevar al mismo mensaje de error. Por lo tanto, no está claro si esto lo ayuda: , sin embargo, si "tablename = 'wellAnalysedDataTablealready' ya está creado en la base de datos mySql como una tabla vacía, obtendrá este error. Intente eliminarlo y deje que la función sqlsave (...) ocúpelo

Answer 3

Si el problema es, de hecho, con la distinción entre mayúsculas y minúsculas, parece que hay una solución fácil sin cambiar ninguna función utilizando la opción "conservar", que aparece en la línea indicada por Ari B. Friedman : "nochange = CNAMEs" Por lo tanto, cuando se crea inicialmente el canal de RODBC, sólo tiene que especificar que como la opción de caso:..

my_sql_channel <<- odbcConnect("myOdbc", case="nochange") 

Answer 4

tengo el mismo error y el problema era los tipos de datos de la tabla de destino Incluso parece que hubo una posible conversión de datos.
Los pasos de la solución fueron:

1. uso un nombre de tabla sin usar (nueva tabla);
2. set append = False y aparece la "tabla de creación" mostrada en el mensaje de error;
3. ejecución que crea una tabla en la base de datos;
4. el "saveSql" ahora funciona con append = False o append = True.

Es útil establecer "verbose = T" para comprobar exactamente dónde se produce el problema.

Answer 5

muy vieja cuestión sé, pero tuve (y resuelto por mi ejemplo) el mismo problema hace un momento, conseguir este error

Error in odbcUpdate(channel, query, mydata, coldata[m, ], test = test, : 
    missing columns in 'data' 

el uso de

sqlSave(

En el paquete RODBC.

Lo resuelto mediante el establecimiento de

,fast = F 

Si alguien más desde el primer Google Resultados tierras aquí, espero que esta ayuda