En primer lugar, se puede saber esto, pero no es posible convertir de forma fiable a partir mathml presentación a mathml contenido. Es mejor comenzar y editar en contenido mathml porque puede convertir de manera confiable a mathml de presentación siempre que lo desee.
Los paquetes de poder matemático, como Mathematica, pueden efectivamente hacer una conversión de presentación mathml a contenido mathml ... pero tendrán que adivinar en algunos casos el significado.
Para una solución de código abierto, buscaría "sistema de álgebra computacional" ... hay varios buenos por ahí ... quizás puedan hacerlo indirectamente.
La última opción sería insertar uno de los editores ... por ejemplo, Integre y MathType admiten tanto la presentación como el contenido mathml ... por lo que quizás uno pueda ayudarlo a realizar la conversión.