Esto es ahora (algo así como) posible usando Android Studio y Gradle.
Mientras que las subcarpetas aún no son posibles, es posible separar recursos en diferentes conjuntos y tenerlos merged by the build system.
Como ejemplo, para simplificar mi proyecto, quería mantener los esquemas específicos del tema separados de los diseños estándar.
Creé una nueva carpeta de recursos llamada 'res_lighttheme' como se ilustra en la siguiente imagen.

Luego añade un puntero a esta carpeta a mi archivo build.gradle como este. Para agregar más de uno simplemente agregue otra línea a la definición.

El resultado es que tanto las carpetas se considera entonces como opciones válidas para los recursos. Se generará un error de compilación si hay un conflicto. es decir, si el mismo recurso está incluido en ambas carpetas.
Gracias! Lástima que esto no se puede hacer! = ( –