Depende de lo que quiere decir con "eliminar".
Puede usar la función unset() para eliminar las claves de su matriz, pero esto no lo reindexará. Así, por ejemplo, si tiene:
$a = array(1 => 'one', 2 => 'two', 3 => 'three');
y luego llamar
unset($a[2]);
Usted va a terminar con algo como
(1 => 'one', 3 => 'three');
Si necesita la matriz para ser indexados de forma secuencial , puede tomar el conjunto no ajustado y alimentarlo en array_values (), que devolverá un nuevo conjunto con claves indexadas secuencialmente.
Volviendo a su escenario original, como otros observan, array_diff hará el trabajo por usted, pero tenga en cuenta que no hace una verificación de índice. Si lo necesita, use array_diff_assoc, en su lugar.
No puedo ayudar pero me he estado preguntando lo mismo +1 sobre la pregunta – JasonDavis