Así es como funciona SaveAs. La única forma de evitar esto es copiar la hoja de trabajo y hacer un SaveAs en la copia, luego ciérrelo.
EDIT: Debo añadir un ejemplo, ya que no es tan difícil de hacer. Aquí hay un ejemplo rápido que copia el ActiveSheet
en un nuevo libro de trabajo.
Dim wbk As Workbook
Set wbk = Workbooks.Add
ActiveSheet.Copy wbk.Sheets(1) ' Copy activesheet before the first sheet of wbk
wbk.SaveAs ....
wbk.Close
Un libro de trabajo complicado puede tener problemas con enlaces y macros, pero en situaciones normales esto es seguro.
EDIT 2: Soy consciente de lo que estás tratando de hacer, ya que tu otra pregunta era sobre intentar activar una exportación en cada cambio de la hoja. Este enfoque de hoja de copia que se presenta aquí probablemente sea altamente perturbador.
Mi sugerencia es escribir un archivo CSV a mano para minimizar la interrupción de la GUI. Es probable que la hoja quede inutilizable si los resguardos se producen a alta frecuencia. No me echaré la culpa de esto en la puerta de Excel, simplemente no fue construido para guardar rápidamente detrás de escena.