2012-03-12 9 views
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En mis scripts, que actualmente estoy convirtiendo en un paquete, se necesitan varios "ajustes globales". Actualmente, estas configuraciones están en variables globales y generalmente se modificaban editando el script directamente. (La secuencia de comandos produce entradas para una base de datos, y debe ajustar cosas como "nombre del autor" y otra parte "constante" personalizada de las entradas.)Mecanismo estándar para tener opciones específicas del paquete en R?

Nuevamente, actualmente utilicé const_author <- "Meow The Scientist Cat" y otros. Puedo, por supuesto, dejar esto exactamente como está, y exportar todas las variables globales, para que el usuario pueda establecerlas en lo que sea. Sin embargo, esto es feo y contamina el espacio de nombres.

¿Cuál es el método estándar en R para que dichos ajustes estén disponibles para el usuario? Usando opciones()? ¿Y en qué punto del paquete se deberían cargar estas opciones?

Tal vez usando una función como settingsTemplate(filename) que exporta un archivo con configuraciones predeterminadas, que luego el usuario puede personalizar; y él tiene que buscar el archivo o loadSettings (filename) antes de usar los scripts?

Respuesta

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Se puede crear algo similar a XCMS: en zzz.R que llamamos .setXCMSOptions (de init.R durante la carga del paquete, donde XCMS opciones específicas se insertan en los genéricos opciones bioc:

getOption("BioC")$xcms 

Se podría proporcionar métodos getter y setter para sus opciones.

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Gracias, eso es lo que estaba buscando :) – meow

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