Al instalar rJava usando el comando install.packages("rJava") me sale el siguiente error:R: paquete rJava instalar en su defecto
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
He instalado el JDK de Java y java -version devuelve lo siguiente:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
Al buscar en Google alrededor del error veo que otros están teniendo el mismo problema pero no encuentran una solución que no sea "instalar todo el JDK, no solo el JRE" que he hecho.
La otra cosa que leí fue ejecutar sudo R CMD javareconf, que funciona bastante feliz sin errores.
¿Alguna idea de cuál es mi problema?
[[EDITAR]] Han pasado unos meses desde que tuve este problema. Inicialmente resolví esto editando mis rutas de Java, como se ilustra en la respuesta que publiqué a continuación. Recientemente me encontré con el mismo problema en una nueva instalación de Ubuntu. Probé la recomendación de Dirk para usar apt-get para instalar el paquete rJava. Funcionó perfectamente. Lo que no pude apreciar inicialmente es que instalar paquetes usando el método Ubuntu apt-get es fundamentalmente diferente a simplemente cargar el mismo paquete usando install.packages() dentro de R. Los paquetes de Ubuntu resuelven algunos problemas que no me di cuenta ni aprecié .
La respuesta se puede encontrar aquí también -http: //stackoverflow.com/questions/12872699/error-unable-to-load-installed-packages-just-now/25932828#25932828 –
Simplemente haciendo un comentario aquí para mi futuro self (porque cuando indudablemente vuelvo a esta pregunta) que necesitaba ejecutar sudo CMD javareconf para que la instalación de apt-get fuera reconocida como mi servidor rstudio. –