memoria de perfiles en I - herramientas para resumir

Question

R tiene algunas herramientas para perfiles de memoria, como Rprofmem(), Rprof() con la opción "memory.profiling=TRUE" y tracemem(). El último solo se puede usar en objetos y, por lo tanto, es útil para seguir cuántas veces se copia un objeto, pero no proporciona una descripción general de una función. Rprofmem debería ser capaz de hacer eso, pero la salida de incluso la llamada de función más simple como lm() da más de 500 líneas de registro. Traté de averiguar qué Rprof("somefile.log",memory.profile=T) realmente hace, pero no creo que realmente lo entiendo.

El último que pude encontrar fue this message of Thomas Lumley, diciendo que, y cito:

Yo todavía no tengo las herramientas para resumir la salida.

Esto fue en 2006. Hay alguna posibilidad de que hay opciones para algunos resúmenes agradables ahora, ya sea basado en Rprofmem(), la misteriosa salida de Rprof() con memory.profile establece TRUE o cualquier otra herramienta?

Answer 1

profvis parece la solución a esta pregunta.

Se genera un archivo html interactiva (usando htmlwidgets) que muestra el perfilado de su código.

El introduction vignette es una buena guía sobre su capacidad.

Tomando directamente de la introducción, se usaría así:

devtools::install_github("rstudio/profvis") 
library(profvis) 

# Generate data 
times <- 4e5 
cols <- 150 
data <- as.data.frame(x = matrix(rnorm(times * cols, mean = 5), ncol = cols)) 
data <- cbind(id = paste0("g", seq_len(times)), data) 
profvis({ 
    data1 <- data # Store in another variable for this run 

    # Get column means 
    means <- apply(data1[, names(data1) != "id"], 2, mean) 

    # Subtract mean from each column 
    for (i in seq_along(means)) { 
     data1[, names(data1) != "id"][, i] <- data1[, names(data1) != "id"][, i] - means[i] 
    } 
}, height = "400px") 

que da

Answer 2

Salida profr - parece exactamente lo que estás buscando.