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Lamento haber vuelto tan pronto con una simple pregunta de instalación, pero mi incapacidad para resolverlo por mi cuenta está afectando seriamente mi productividad. De todos modos, traté de instalar GenomicFeatures como lo sugiere el sitio web de BC.Problema de instalación del paquete GenomicFeatures
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")
que recibieron los mensajes de error siguientes (además de varios mensajes de advertencia)
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’
Así algún problema con las dependencias supongo, pero parece extraño que se instalan automáticamente antes de GF . Estoy usando la versión 2.15.0. ¿Alguna pista sobre cuál podría ser el problema? Estaré encantado de proporcionar más información según sea necesario. Gracias.
Dependencias * * se supone que deben instalarse automáticamente antes del paquete. Parece que tienes problemas con RCurl y XML. Intente instalarlos por separado de CRAN. 'install.packages (RCurl)' etc. Instalé satisfactoriamente 'GF' ya que tengo esas dependencias. – Maiasaura
Además, edite su pregunta y agregue los resultados de 'sessionInfo()' si continúa teniendo problemas después de seguir mi sugerencia anterior. – Maiasaura
Deberá instalar las bibliotecas del sistema operativo libcurl y libxml. La especificación precisa depende de su sistema operativo; para mí 'sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev' y libxml2-dev. Una vez que estén instalados, 'biocLite' o' install.packages' funcionarán igual de bien. –