Trazado de gráficos dirigidos en Python de manera que muestren todos los bordes por separado

Question

Estoy usando Python para simular un proceso que tiene lugar en gráficos dirigidos. Me gustaría producir una animación de este proceso.

El problema con el que me he encontrado es que la mayoría de las bibliotecas de visualización de gráficos de Python combinan pares de bordes dirigidos en un solo borde. Por ejemplo, NetworkX empates sólo dos bordes cuando se muestra el siguiente gráfico, mientras que me gustaría mostrar cada uno de los cuatro bordes por separado:

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 

G = nx.MultiDiGraph() 

G.add_edges_from([ 
    (1, 2), 
    (2, 3), 
    (3, 2), 
    (2, 1), 
]) 

plt.figure(figsize=(8,8)) 
nx.draw(G) 

me gustaría ver algo como esto, con cada borde paralelo dibujado por separado:

la pregunta R reciprocal edges in igraph in R parece que lidiar con el mismo problema, pero la solución no es para la biblioteca R igraph, no para Python.

¿Existe alguna manera fácil de generar este estilo de trazado utilizando una biblioteca de visualización de gráficos Python existente? Sería una ventaja si pudiera soportar multigrafos.

Estoy abierto a soluciones que invocan un programa externo para producir las imágenes. Me gustaría generar una serie completa de cuadros de animación, por lo que la solución debe ser automática.

Answer 1

Las herramientas Graphviz parecen mostrar bordes distintos.

Por ejemplo, dando a este:

digraph G { 
    A -> B; 
    A -> B; 
    A -> B; 
    B -> C; 

    B -> A; 
    C -> B; 
} 

a dot produce:

idioma de entrada de Graphviz es bastante simple para que pueda generar por su cuenta, a pesar de la búsqueda de "pitón graphviz "aparece un par de bibliotecas.

Answer 2

Usando NetworkX, una posible solución que evita archivo de E/S y utiliza de puntos a través de pydot para la disposición es:

import networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.image as mpimg 
from cStringIO import StringIO 

g = nx.dodecahedral_graph() 
d = nx.drawing.nx_pydot.to_pydot(g) # d is a pydot graph object, dot options can be easily set 
# attributes get converted from networkx, 
# use set methods to control dot attributes after creation 

png_str = d.create_png() 
sio = StringIO() # file-like string, appropriate for imread below 
sio.write(png_str) 
sio.seek(0) 

img = mpimg.imread(sio) 
imgplot = plt.imshow(img) 

de por qué se necesita seek(0), ver How to create an image from a string in python

Si dentro IPython (qt) consola, entonces lo anterior se imprimirá en línea y un enfoque más directo es:

import networkx as nx 
from IPython.display import Image 

g = nx.dodecahedral_graph() 
d = nx.drawing.nx_pydot.to_pydot(g) 

png_str = d.create_png() 
Image(data=png_str)