Aunque el código fuente no está incrustada en la asamblea misma, creo que lo que está después es un symbol server (creada mediante la utilidad Symstore)
Un almacén de símbolos es una base de datos que permite a los depuradores para buscar la correcta símbolos para usar en cualquier módulo dado - algo muy útil si envía/depura muchas versiones diferentes de los mismos ensamblajes.
Con un poco de magia adicional también puede incrustar información de control de fuente dentro de sus símbolos, de modo que cualquier depurador compatible también sepa suficiente información automáticamente para recuperar la fuente exacta utilizada para construir ese módulo.
Como dije, sin embargo, el código fuente en sí mismo no está incrustado en el ensamblado, simplemente es la información requerida para permitir que el depurador recupere la fuente.
Hay una excelente guía sobre cómo hacer todo lo anterior:
No estoy seguro de poder ver el código fuente (sin reflector). –