Suena como que estás preguntando qué piezas van en que los archivos.
¿Su proyecto es una aplicación web? En ese caso, lo más probable es que utilice el sistema de organización impuesto por su infraestructura (Rails, Merb, Sinatra, etc.)
Otros tipos de proyectos también tienen su propia estructura típica que puede seguir. P.ej. las gemas generalmente se configuran de cierta manera.
Si se trata de una aplicación de consola, no hay una regla estricta. Por lo general, las personas no colocan más de una clase o módulo en un archivo. Puede tener un archivo principal que requiera todos los demás.