No sé si esto ayudará, pero acabo de tener el mismo problema con una aplicación totalmente simple que no utiliza los servicios de ubicación, y descubrí que es una ilusión. Mire los mensajes de registro que obtuve:
2012-12-22 10:47:45.329 Bizarro[10416:907] start applicationDidBecomeActive:
2012-12-22 10:47:45.333 Bizarro[10416:907] end applicationDidBecomeActive:
2012-12-22 10:47:45.329 Bizarro[10416:907] start applicationDidBecomeActive:
2012-12-22 10:47:45.333 Bizarro[10416:907] end applicationDidBecomeActive:
Mire de cerca. Mire veces. El primer y el tercer mensaje tienen el mismo tiempo. El segundo y el cuarto mensaje tienen el mismo tiempo. ¡Son los mismos mensajes! Es un error de Xcode; no tiene nada que ver con mi código. Xcode informa los mismos mensajes de registro dos veces.
En mi caso, pude evitar esto desactivando todos los comportamientos para ejecutar -> Genera salida.
¿Cómo es el seguimiento de la pila, como cuando se establece un punto de interrupción en applicationDidBecomeActive :? ¿Es exactamente lo mismo para ambas llamadas? Si no (y no debería ser), entonces eso debería llevarlo a su problema. –