Debe excluir el archivo del instalador.
De MSDN
El archivo especificado es un archivo de sistema protegido en Windows 2000, Windows XP y Windows Server 2003. Los archivos protegidos del sistema se instalan normalmente a través del sistema operativo paquetes de servicios o paquetes de instalación por separado, como Windows Media Player o Internet Explorer. Incluir este archivo en un instalador puede causar inestabilidad si está instalado en sistemas operativos que no son compatibles con los archivos protegidos del sistema. Por ejemplo, al instalar un componente como stdole.tlb fuera de la carpeta del Sistema y registrarlo, sobrescribirá el registro del componente bajo la protección de archivos del sistema. Cuando la aplicación se desinstala, el componente instalado por la aplicación se elimina y el componente bajo la protección de archivos del sistema queda dejado en estado no registrado.
Adiós.
Existe un problema con este sistema, ya que los archivos de la Protección de archivos del sistema de Windows dependen del sistema. Nuestras máquinas de desarrollo no tienen msxml6.dll bajo protección, por ejemplo, pero nuestra máquina de compilación lo hace y detecta este archivo como una dependencia. Eso significa que si nuestras máquinas dev registran un cambio en un proyecto de instalación, LIMPIAN la exclusión de msxml6.dll y esto rompe nuestras compilaciones. – Shiv