Boxplot, ¿cómo hacer coincidir el color de los atípicos para llenar la estética?

Question

Estoy tratando de hacer coincidir el color de los valores parásitos de boxplot con el color de relleno que se establece por estética (scale_colour_discrete).

Aquí hay un ejemplo.

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)), 
    fill=factor(Animation))) 
m + geom_boxplot() + scale_y_log10() 

Esto genera el diagrama a continuación. ¿Cómo cambio esos puntos negros para que sean de color rojizo/verdoso en el cuerpo? La opción de color atípico de la gráfica de caja parece elegir un color, y no tan estético, si entiendo correctamente. No me importa usar la estética del color si eso ayuda.

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Editar:

Adaptado this solution (Changing whisker definition in geom_boxplot). El esquivado horizontal es reseteado por stats_summary y no pude encontrar la manera de recuperarlo. Debo arrojar fácilmente atípicos y estirar los bigotes cuando sea necesario, ya que sé cómo hacerlo ahora.

# define the summary function 
f <- function(x) { 
    r <- quantile(x, probs = c(0.05, 0.25, 0.5, 0.75, 0.95)) 
    names(r) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax") 
    r 
} 
# define outlier function, beyound 5 and 95% percentiles 
o <- function(x) { 
    subset(x, x < quantile(x,probs=c(0.05))[1] | quantile(x,probs=c(0.95))[1] < x) 
} 

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)), 
    colour=factor(Animation))) 
m <- m + stat_summary(fun.data=f, geom='boxplot') 
m <- m + stat_summary(fun.y=o, geom='point', aes(colour=factor(Animation))) 
m + scale_y_log10() 

Answer 1

Como @koshke dijo, teniendo los valores extremos de colores como las líneas de la caja (no el color de relleno) se encuentra ahora puede hacerse con facilidad mediante el establecimiento de outlier.colour = NULL:

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)), 
    colour = factor(Animation))) 
m + geom_boxplot(outlier.colour = NULL) + scale_y_log10() 

• outlier.colour deben escribirse con "ou"
• outlier.colour debe estar fuera aes()

estoy publicando esto como una respuesta tardía porque me encuentro mirando esto una y otra vez, y también he publicado para la pregunta relacionada Coloring boxplot outlier points in ggplot2?.

Answer 2

he encontrado una manera de hacer esto, la edición objeto de cuadrícula en bruto.

library(ggplot2) 

match.ol.col <- function(plt,aes.cp='fill') { 
    # matches outliers' color to either fill or colour aesthetics 
    # plt: ggplot layer object having boxplot 
    # aes.cp: aetsthetic from which copy color. must be either 'fill' or 'col' 
    # returns grid objects, so print it wigh grid.draw(), not print() 
    if (aes.cp %in% c('color', 'colour')) aes.cp <- 'col' 
    grob <- ggplotGrob(plt) 
    bps <- getGrob(grob, 'boxplots', grep=T) 
    for (bp in bps$children) { 
    p <- getGrob(bp, 'point', grep=T) 
    if (is.null(p)) next 
    r <- getGrob(bp, 'rect', grep=T) 
    grob <- geditGrob(grob, p$name, gp=gpar(col=r$gp[[aes.cp]])) 
    } 
    return(grob) 
} 


m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)), 
    colour=factor(Animation))) 
p <- m + geom_boxplot() + scale_y_log10() 

grob <- match.ol.col(p, aes.cp='colour') 
grid.draw(grob) 

resultados:

Answer 3

Encontré una solución al hecho de que la configuración geom_boxplot(outlier.colour = NULL) ya no funciona en las versiones más nuevas de R (@jonsnow habla sobre la versión 1.0.0 de ggplot2).

Con el fin de replicar el comportamiento que @cbeleites propsed sólo hay que utilizar el siguiente código:

update_geom_defaults("point", list(colour = NULL)) 
m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)), 
      colour = factor(Animation))) 
m + geom_boxplot() + scale_y_log10() 

como se esperaba esto produce parcela con puntos que coinciden con el color de la línea.

Por supuesto, uno debe recordar para restaurar el valor predeterminado si tiene que dibujar varias parcelas:

update_geom_defaults("point", list(colour = "black")) 

La solución fue encontrada por la lectura de la ggplot2 changelog en github:

Los valores extremos de geom_boxplot() uso el color, el tamaño y la forma predeterminados de geom_point(). El cambio de los valores predeterminados de geom_point() con update_geom_defaults() aplicará los mismos cambios a los valores atípicos de geom_boxplot(). Cambiar los valores predeterminados para los valores atípicos anteriormente no era posible. (@ThierryO, # 757)

Publicado aquí también: Coloring boxplot outlier points in ggplot2?

Answer 4

Tuve un problema muy similar. Quería combinar el estilo con una trama anterior, por lo que quería bordes negros con relleno de color y valores atípicos coincidentes.

Mi solución fue sobre-impresión, una vez con color = y el punto de círculo sólido predeterminada, y una vez con relleno = y un punto en forma de círculo abierto

p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot(aes(colour=factor(cyl))) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(cyl)), outlier.shape=21) 

boxplot with coloured fill, and black borders and median line