Borrado de la memoria utilizada por rpy2

Question

¿Cómo puedo eliminar objetos (y la memoria que ocupan) creados a través de rpy?

import rpy2.robjects as r 
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)') 
del a #if I do this, there is no change in the amount of memory used 
r.r('rm(list=(ls(all=TRUE)))') # Same here, the objects disappear, but the memory is still used 

El efecto desafortunado es que en mi aplicación, uso de memoria aumenta hasta que no es suficiente y luego se bloquea ... Desde el rpy2 docs:

El objeto en sí mismo sigue estando disponible, y protegidos de la basura colección de R hasta foo se elimina de Python

pero incluso haciendo:

import rpy2.robjects as r 
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)') 
r.r.rm('a') 
del a 
r.r.gc() 

no libera la memoria utilizada ...

EDIT: rpy2 2.0, Win XP, R 2.12.0

Answer 1

Hay una paragraph in the rpy docs dando a entender que es posible que tenga que ejecutar la basura Python colector con frecuencia al borrar o sobrescribir los objetos grandes:

objetos R viven en el espacio de memoria R, su tamaño sin el conocimiento de Python, y debido a que parece que Python no siempre recoger la basura con bastante frecuencia cuando se involv objetos grandes ed. Esto a veces conduce a un aumento transitorio del uso de memoria cuando los objetos grandes se sobrescriben en bucles, y aunque alcanzar el límite de memoria de un sistema parece desencadenar la recolección de elementos no utilizados, es posible que desee activar explícitamente la colección.

I fue capaz de forzar rpy2 para liberar esa matriz grande mediante la ejecución de gc.collect() inmediatamente después de crear la matriz, y de nuevo justo después de eliminarlo y funcionando función interna gc() de R. Ejecutarlo en un bucle con suspensión: use top para ver cómo aumenta o disminuye el uso de la memoria.

Corriendo bajo Python 2.6 en Ubuntu 10.0.4 con python-rpy versión 2.0.8 vinculada a R versión 2.10.1. Espero que esto te ayude a progresar:

import gc 
import time 

import rpy2.robjects as R 

for i in range(5): 
    print 'pass %d' % i 
    R.r('a = matrix(NA, 1000000, 50)') 
    gc.collect() 
    R.r('rm(a)') 
    R.r('gc()') 
    gc.collect() 

    print 'sleeping..' 
    time.sleep(5)