En Glassfish v2.1 Pude consultar el registro de todas las aplicaciones web stdout y stderr en el registro del servidor glassfish ($ GF_HOME/domains/domain1/logs/server.log). Pero no veo lo mismo en v3. ¿Hay alguna configuración que deba cambiarse o las aplicaciones ahora deben admitir su propio registro?Glassfish v3 logging
http://blog.saddey.net/2010/03/27/how-to-deploy-a-grails-application-to-glassfish/
Este tutorial explica muy brevemente cuál era el problema y lo arregla, al menos para aplicaciones Grails que es principalmente lo que se despliegan para glassfish.
En el entorno v3, System.out y System.err se envían al archivo de registro ... a través de un registrador.
El nombre del registrador es "javax.enterprise.system.std.com.sun.enterprise.v3.services.impl".
Un mensaje a System.err se registra en Level.SEVERE. Un mensaje a System.out se registra en Level.INFO.
Es posible que desee iniciar el servidor y verificar el nivel de registro para "javax.enterprise.system" en la consola de administración. Es el último registrador nombrado en la página en esta captura de pantalla, justo encima del botón 'Guardar'. 
Si este registrador está desactivado, no se recibirán mensajes en el archivo de registro. Si el registrador está configurado en SEVERE o WARNING, los mensajes a System.out no se registrarán.
EDIT: Añadido pantalla
Para ver los mensajes de System.out.print(), debe establecer javax nivel de registro en INFO.
No veo el registrador "javax.enterprise.system.std.com.sun.enterprise.v3.services.impl" en la configuración de mi registro. ¿Agrego esto a mi logging.properties? No veo javax.enterprise.system tampoco pero veo javax.enterprise.system.core .web etc. – ankimal
¿dónde está la captura de pantalla? – Houcine