No estoy seguro, si esto se considera una solución, porque ya lo mencionó en su pregunta. Puede usar Hibernate Tools para generar DDL a partir de clases anotadas por JPA. Sólo necesita hibernar herramientas y sus dependencias en la ruta de clase y debe estar bien con algo como lo siguiente:
<target name="schemaexport" description="Export schema to DDL file"
depends="compile-jpa"> <!-- compile model classes before running hibernatetool -->
<!-- task definition; project.class.path contains all necessary libs -->
<taskdef name="hibernatetool" classname="org.hibernate.tool.ant.HibernateToolTask"
classpathref="project.class.path" />
<hibernatetool destdir="export/db"> <!-- check that directory exists -->
<jpaconfiguration persistenceunit="myPersistenceUnitName" />
<classpath>
<!--
compiled model classes and other configuration files don't forget
to put the parent directory of META-INF/persistence.xml here
-->
</classpath>
<hbm2ddl outputfilename="schemaexport.sql" format="true"
export="false" drop="true" />
</hibernatetool>
</target>
Por otro lado, si usted está usando Eclipse con Webtools y ha configurado la configuración del proyecto correctamente, puede simplemente haga clic derecho y seleccione Generar DDL en el menú contextual. Más información sobre eso en el Eclipse Dali website.